هل يمكن استخدام محطة عمل PCR أو QPCR اليدوية لـ PCR المتداخلة؟
PCR المتداخلة هي تقنية قوية في البيولوجيا الجزيئية التي تعزز خصوصية وحساسية تضخيم PCR. أنه يتضمن جولتين من تفاعلات PCR ، مع استخدام الاشعال في الجولة الثانية الصلب إلى التسلسلات داخل ناتج الجولة الأولى. كمورد لمحطات العمل اليدوية PCR أو QPCR ، غالبًا ما أتلقى استفسارات حول مدى ملاءمة محطات العمل الخاصة بنا لـ PCR المتداخلة. في منشور المدونة هذا ، سأستكشف ما إذا كان يمكن استخدام محطة عمل PCR أو QPCR اليدوية في PCR المتداخلة ومناقشة الاعتبارات والمزايا.
فهم PCR المتداخل
PCR المتداخل هو تعديل تقنية PCR القياسية. في PCR قياسي ، يتم استخدام زوج واحد من الاشعال لتضخيم جزء الحمض النووي محدد. ومع ذلك ، في PCR المتداخلة ، يتم استخدام مجموعتين من الاشعال في اثنين من ردود الفعل PCR متتالية. تضخّم المجموعة الأولى من الاشعال جزءًا أكبر من الحمض النووي ، وتضخّم المجموعة الثانية من الاشعال ، الموجودة داخل Amplicon الأول ، جزءًا أصغر وأكثر تحديدًا. تعمل عملية الخطوة المكونة من 2 خطوة إلى تقليل التضخيم غير المحدد بشكل كبير وتزيد من فرص تضخيم الحمض النووي المستهدف بنجاح ، خاصةً عندما يكون الهدف موجودًا في وفرة منخفضة أو عندما تكون هناك خلفية عالية من الحمض النووي غير المستهدف.
ميزات PCR أو QPCR يدوي
تم تصميم محطات العمل اليدوية PCR أو QPCR لتوفير بيئة محكومة لأداء تفاعلات PCR و QPCR. تحتوي محطات العمل هذه عادةً على ميزات مثل مقعد نظيف لمنع التلوث ، ومحطات الأنابيب القابلة للتعديل لتوزيع دقة للكاشف ، وكتلة درجة الحرارة التي يتم التحكم فيها لركوب الدراجات PCR.
تم تجهيز المقعد النظيف في محطة عمل يدوية مع مرشحات HEPA التي تزيل الجسيمات المحمولة جواً والكائنات الحية الدقيقة ، وهو أمر بالغ الأهمية بالنسبة لـ PCR المتداخل لأن التلوث يمكن أن يؤدي إلى نتائج إيجابية خاطئة. تتيح محطات الأنابيب القابلة للتعديل قياسًا دقيقًا ونقل كميات صغيرة من الكواشف ، وهو أمر ضروري لكل من الجولات الأولى والثانية من PCR المتداخلة. يمكن لدرجات الحرارة التي يتم التحكم فيها محاكاة دورات درجات الحرارة المختلفة المطلوبة بدقة في PCR ، بما في ذلك تمسخ ، الصلب ، والتمديد.
باستخدام محطة عمل يدوي PCR أو QPCR لـ PCR المتداخل
نعم ، يمكن استخدام محطة عمل PCR أو QPCR اليدوية بشكل فعال ل PCR المتداخل. إليكم كيف:
1. تحضير العينة
البيئة النظيفة التي توفرها محطة العمل اليدوية مثالية لإعداد العينة. عند العمل مع الحمض النووي المستهدف المنخفض في PCR المتداخلة ، يمكن لأي تلوث أن يعطل النتائج. يضمن مقعد HEPA - الذي تمت تصفيته أن تكون العينات محمية من الملوثات الخارجية أثناء الاستخراج والإعداد الأولي لتفاعل PCR الدائري الأول.
على سبيل المثال ، عند استخراج الحمض النووي من عينة سريرية ، فإن البيئة النظيفة لمحطة العمل تقلل من خطر إدخال الحمض النووي البيئي أو الملوثات الأخرى. تتيح محطات الأنابيب القابلة للتعديل إضافة دقيقة للكواشف مثل مخازن استخراج الحمض النووي والإنزيمات والاشعال ، مما يضمن إعداد تفاعل PCR الدائري الأول بشكل صحيح.
2. أولا - جولة PCR
يمكن لدرجة الحرارة - الكتلة التي يتم التحكم فيها في محطة العمل اليدوية تنفيذ دورات درجة الحرارة المطلوبة بدقة في PCR الجولة الأولى. خطوة التمويل ، عادة في حوالي 94 - 98 درجة مئوية ، خطوة الصلب (تعتمد درجة الحرارة على تسلسل التمهيدي) ، ويمكن التحكم في خطوة التمديد عند 72 درجة مئوية بدقة. يعد التحكم الدقيق في درجة الحرارة هذا ضروريًا للتضخيم المناسب لشظية الحمض النووي الأكبر في PCR الجولة الأولى.
تلعب محطات الأنابيب أيضًا دورًا حيويًا في إضافة الكميات المناسبة من الحمض النووي القالب ، والاشعال ، و DNTPs ، والبوليميريز إلى خليط التفاعل. يضمن التثبيت الدقيق أن تكون ظروف التفاعل مثالية للتضخيم الدائري الأول.
3. الثاني - جولة PCR
بعد PCR الأول - PCR ، يتم استخدام المنتج كقالب للجولة الثانية - PCR. تتيح محطة العمل اليدوية التعامل الدقيق للمنتج المستدير الأول لتجنب التلوث. يمكن لمحطات الأنابيب أن تنقل بدقة حجم صغير من المنتج الدائري الأول إلى خليط التفاعل الدائري الثاني.
توفر درجة الحرارة - الكتلة التي يتم التحكم فيها مرة أخرى دورات درجة الحرارة اللازمة للثاني - الجولة PCR. نظرًا لأن الاشعال الدائري الثاني متداخلة داخل Amplicon الدائري الأول ، فقد تكون درجة حرارة الصلب مختلفة ، ويمكن تعديل محطة العمل اليدوية وفقًا لذلك لضمان تضخيم محدد لشظية الحمض النووي الأصغر والأكثر تحديدًا.
مزايا استخدام محطة عمل يدوية لـ PCR المتداخلة
1. التكلفة - فعالة
بالمقارنة مع محطات العمل الآلية بالكامل ، فإن محطات العمل اليدوية PCR أو QPCR أكثر تكلفة بشكل عام. بالنسبة للمختبرات ذات الميزانيات المحدودة أو تلك التي لا تتطلب PCR متداخلة عالية الإنتاجية ، توفر محطة العمل اليدوية حلاً عمليًا. يسمح بزيادة الجودة المتداخلة PCR دون الحاجة إلى استثمار كبير في المعدات الآلية باهظة الثمن.
2. المرونة
تقدم محطات العمل اليدوية مرونة أكبر. يتمتع المستخدم بالتحكم الكامل في عملية التعريف ، مما يسمح بالتعديلات بناءً على المتطلبات المحددة لبروتوكول PCR المتداخل. على سبيل المثال ، إذا كانت عينة معينة تتطلب تركيزًا تمهيديًا مختلفًا أو ملف تعريف درجة حرارة معدلة ، يمكن للمستخدم إجراء هذه التغييرات بسهولة أثناء إعداد التفاعل.
3. التدريب والألفة
العديد من فنيي المختبرات على دراية بالفعل بتقنيات الأنابيب اليدوية. لا يتطلب استخدام محطة عمل يدوية لـ PCR المتداخلة تدريبًا مكثفًا على الأنظمة الآلية المعقدة. يمكن أن يؤدي هذا الألفة إلى تنفيذ أكثر كفاءة ودقيقة لبروتوكول PCR المتداخل.
اعتبارات
في حين يمكن استخدام محطة عمل PCR أو QPCR اليدوية لـ PCR المتداخلة ، هناك بعض الاعتبارات:
1. مهارة المشغل
تعتمد دقة PCR المتداخلة باستخدام محطة عمل يدوية إلى حد كبير على مهارة المشغل. تعتبر الأنابيب الدقيقة والتعامل الدقيق للعينات أمرًا بالغ الأهمية. يمكن أن تؤدي مهارات الأنابيب غير الكافية إلى أحجام كاشف غير دقيقة ، والتي يمكن أن تؤثر على كفاءة التضخيم وخصوصية PCR المتداخلة.
2. الإنتاجية
محطات العمل اليدوية لديها إنتاجية أقل مقارنة بالأنظمة الآلية. إذا احتاج المختبر إلى إجراء عدد كبير من ردود الفعل المتداخلة PCR في وقت واحد ، فقد لا تكون محطة العمل اليدوية هي الخيار الأكثر فعالية.
محطات العمل اليدوية الأخرى ذات الصلة
بالإضافة إلى محطات العمل اليدوية PCR أو QPCR ، نقدم أيضًا أنواعًا أخرى من محطات العمل اليدوية التي قد تكون ذات أهمية. المحطة عمل تحليل الخلاياتم تصميمه في المقايسات القائمة على الخلايا ويمكن استخدامه بالتزامن مع PCR المتداخل عند دراسة التعبير الجيني في الخلايا. المحطة عمل PRCXI PIPETTINGيوفر إمكانيات متقدمة بين الأنابيب ويمكن أن تكون إضافة قيمة لمختبر يقوم بتداخل PCR. المحطة العمل اليدوية ELISAيمكن استخدامها لتحليل المصب لمنتجات PCR المتداخلة ، مثل اكتشاف وجود تسلسلات الحمض النووي المحددة باستخدام طرق تعتمد على ELISA.
خاتمة
في الختام ، يمكن استخدام محطة عمل PCR أو QPCR اليدوية بفعالية ل PCR المتداخل. إن بيئتها النظيفة ، وقدرات الأنابيب الدقيقة ، والتحكم الدقيق في درجة الحرارة تجعلها مناسبة لجميع مراحل عملية PCR المتداخلة ، من تحضير العينة إلى التضخيم الدائري الثاني. تعد التكلفة - فعالية ، مرونة ، وسهولة استخدام محطات العمل اليدوية مزايا مهمة ، خاصة بالنسبة للمختبرات الأصغر أو التي لديها احتياجات بحثية محددة.
إذا كنت مهتمًا بمعرفة المزيد عن محطات عمل PCR أو QPCR اليدوية الخاصة بنا أو لديك أسئلة حول استخدامها لـ PCR المتداخلة ، فنحن نشجعك على الاتصال بنا لإجراء مناقشة مفصلة ومشتريات محتملة. فريق الخبراء لدينا مستعد لمساعدتك في العثور على أفضل حل لاحتياجات المختبر.
مراجع
- Dieffenbach ، CW ، & Dveksler ، GS (1995). PCR Primer: دليل المختبر. كولد سبرينغ هاربور المختبر مطبعة.
- Innis ، MA ، Gelfand ، DH ، Sninsky ، JJ ، & White ، TJ (1990). بروتوكولات PCR: دليل للطرق والتطبيقات. الصحافة الأكاديمية.
- Saiki ، RK ، Gelfand ، DH ، Stoffel ، S. ، Scharf ، SJ ، Higuchi ، R. ، Horn ، GT ، Mullis ، KB ، & Erlich ، HA (1988). التمهيدي - التضخيم الأنزيمي الموجه من الحمض النووي مع بوليميريز الحمض النووي الحراري. العلوم ، 239 (4839) ، 487 - 491.